Lahinja izvira v obzidanem izviru Zajm, v času visokih pretokov pa v visokovodnem bruhalniku Glavica v neizraziti zatrepni dolini pod vasema Knežina in Belčji Vrh.
Napaja se s podzemnimi vodami, ki pritekajo izpod nekoliko višjega in zakraselega Velikega Bukovja. Je osrednji belokranjski vodotok.
V izviru Okno prihaja na dan potok Nerajčica, levi pritok Lahinje. Vodno zaledje Nerajčice predstavlja Poljanska gora.
Celotna izvirna kotanja z bregovi vred je gosto poraščena z vodnimi in obvodnimi rastlinami, prisotne so tudi ribe. Na skalni zložbi nad izvirom je niša s kipcem Lurške Marije.
Lahinjski lugi so 9 hektarov veliko območje dolvodno od izvira Lahinje, kjer je rastlinstvo prilagojeno stalnemu visokemu nivoju talne vode.
Razširjeni so sestoji črne jelše in vrb s trstičjem in šaši. Lahinjski lugi so kljub svoji neprehodnosti dom številnim živalskim vrstam, predvsem pticam.
Nerajski lugi so 18 hektarov velik kompleks mokrotnih travnikov, nizke-ga barja, visokega šašja, poplavnega gozda in sestojev z navadno reziko dolvodno od sotočja Lahinje in Nerajčice.
Na mokrotnih travnikih v osrčju lugov so velika rastišča močvirske kukavice. Po mokrišču se obiskovalec lahko sprehodi po podestu ter iz ptičje opazovalnice opazuje ptice.
Mlaka je manjše vodno telo močvirnega značaja, nastalo v plitvi glineni depresiji.
Napaja se z meteorno vodo z okoliških obdelovalnih površin, ob daljši odsotnosti deževja pa presuši. Vrbovi in jelševi sestoji s šaši in ločjem ob robu so dom močvirske sklednice, kačjih pastirjev in dvoživk.
Krnica je s kamnito zložbo obdan kraški izvir jugovzhodno od vasi Veliki Nerajec. Po 70 metrih se voda iz plitve struge kot levi pritok izlije v Nerajčico.
Izvir je nekdaj služil kot glavni vir pitne vode za oskrbo bližnje vasi in po pripovedovanju domačinov nikoli ne presahne.
Opomba (februar 2023): dostop do izvira Krnica je onemogočen zaradi padlega drevja med letošnjo zimo. S pripravami na sanacijo smo že začeli. Za nevšečnost se opravičujemo.
S kamnito zložbo obdan izvir pri Mali Lahinji leži le nekaj metrov stran od Lahinje. V preteklosti je služil kot eden redkih virov pitne vode, o čemer priča tudi kamnita polica za odlaganje čebrov.
Danes je izvir z bližnjo okolico življenjski prostor bobra, vidre in ličinkmočerada.
Kraška jama Zjot (Djud, Džud) je ponorna vodoravna kraška jama v zaledju izvira Stepanjec.
V jami ponikne manjši potok, ki se le ob visokih vodostajih pojavlja na ravnici pred jamo. V jami lahko opazujemo značilne jamske živali, med drugim jamsko kozico s črnim pigmentom v ostankih oči.
Z ledinskim imenom »Peski« označujemo območje nekdanjih peskokop-ov na slemenu nad povirjem Lahinje.
Na krednih apnencih in dolomitih se je razvila plitva prst, na njej pa uspeva več vrst divjih orhidej. Večina teh orhidej cveti maja in junija, ogroža pa jih tako intenzivno kmetijstvo kot tudi zaraščanje.
Potok Nerajčica je levi pritok Lahinje, za katerega je značilna razgibana in slikovita struga.
Napajata jo še dva manjša pritoka, Krnica in Stepanjec. Vodno zaledje Nerajčice predstavlja Poljanska gora. Naravno ohranjenost poudarja bujna obrežna vegetacija.
Na desnem bregu povirnega odseka reke Lahinje pod vasjo Šipek je ob strugi Lahinje hipotermalni izvir s stalno temperaturo vode med 14 in 18 °C.
Topla voda se dviguje ob tektonsko pretrti coni, pot na površje pa si utira skozi plasti rečnih naplavin, kjer se v površinskih plasteh meša s hladnejšo vodo Lahinje.
Stepanjec je desni pritok Nerajčice.
Izvira v kratkem, a izrazitem zatrepu, v izviru pa na površje prihaja voda iz bližnje kraške jame Zjot. V strugi Stepanjca na več mestih na površje prihaja toplejša voda.
